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據港媒報道，香港理工大學醫療科技及資訊學系副教授蕭杰恒27日在一個電臺節目表示，其研究團隊為近日香港出現的確診病例進行基因排序，發現本地確診病例與歐洲輸入病例的基因突變特征相似，相信新一波疫情源頭，很可能是國外輸入。

另外，香港理大隨機抽取今次疫情中26個病人的樣本分析，發現病人的病毒均帶有D614G基因變異，包括近期多個大型集體感染事件都發現了此類型的病毒，而早前來自高危地區豁免人士的確診者中，亦發現類似這種基因變異，由此相信第3波疫情很大機會源自豁免檢疫人士。

香港理大團隊取得第三波疫情的26個本地患者樣本，以及6個輸入個案樣本，發現均屬于GRK，即D614G類型的變種病毒株。蕭杰恒相信此病毒株最初源自歐洲，并于三月上旬首次在香港出現，當時患者是一名從馬德里回港的國泰空服員，但當時并無擴散至社區。

蕭亦發現，香港患者的病毒株雖屬同類，但當中仍存在微小突變，推斷疫情來自至少三條傳播鏈。“不是單一個人導致社區暴發，而系透過多個點觸發。”

26個本地樣本當中，有19個病毒株是完全一樣，并分布在不同地區，包括彬記群組、的士司機、慈云山港泰護老中心、沙田水泉澳村、屯門富臨生日會群組等。他們的病毒株跟來自菲律賓和巴基斯坦的輸入個案非常接近，遂他估計這兩個國家是導致本地主流暴發的源頭。但團隊暫未成功配對，與輸入個案病毒株完全相同的本地個案，是未能解通的“斷層”問題。

而第二條傳播鏈來自哈薩克機組人員，即獲豁免檢疫人士。蕭杰恒稱，第1326宗個案、從哈薩克返港42歲男機組人員的病毒株，與第1319宗個案、居銅鑼灣禮頓山31歲男子完全一樣。據衛生防護中心，第1326宗個案來港后，居于銅鑼灣皇冠假日酒店，位置鄰近第1319宗個案的住所。他相信該酒店先后讓不少機組人員居住，并肯定他們與第1319宗個案確診有關。

至于第三條傳播鏈涉及第1558宗個案、居西貢相思灣村的患者，其病毒株與上述個案稍有不同，但團隊暫未配對出病毒株相近的輸入個案。