來自歐洲的病毒,跟中國本土有啥不一樣?
昨晚,北京市疾控中心新冠肺炎疫情防控專家組成員楊鵬研究員表示,通過全基因組測序發現病毒是從歐洲方向來的,初步判定與輸入性有關。
來自歐洲的,
跟中國本土有啥不一樣?
4月8日《美國國家科學院院刊》(PNAS)發表的《新冠病毒基因組系統進化網絡分析》研究團隊繪制了一個由160個基本完整的SARS-Cov-2基因組組成的系統進化網絡,結果發現[1]:
美國和澳大利亞的患者主要感染的是A型病毒,在武漢居住的美國人中也發現了A的變異版本;
武漢甚至整個東亞地區主要流行的是B型病毒;
C型則主要集中于在法國、意大利、瑞典、英國等歐洲國家,在新加坡和韓國等地也有少量存在,在中國內地并未找到。
推測這次北京新增的確診患者可能更傾向于C型,當然并不排除新的亞型出現。
很明顯,新冠病毒已發生變異,且在不同國家傳播的新冠病毒亞型有所不同。
3月3日,《國家科學評論(National Science Review)》上發表的一篇有關新冠肺炎起源與進化最新研究,根據基因序列的第28144位點的堿基種類,101株可被劃分入2個亞型:L型(第28144位點是T堿基,編碼亮氨酸,Leu)和S型(第28144位點是C堿基,編碼絲氨酸,Ser)[2]。
研究者對武漢患者的病毒株研究中發現96.3%是L型,而在武漢以外地區的病毒株中,L型占比為61.6%,L型似乎在武漢比S型更易流行(p=0.0004)。
2篇文章對新冠病毒的分類方式存在差異,然而并不阻礙我們對于病毒突變的探索。
那又是如何發現不同國家和地區新冠變異情況的呢?
簡而之,就是把新冠病毒的RNA完全暴露,看看哪個基因組突變了。
專業上來說是通過全基因測序,把物種細胞里面完整的基因組序列從第1個基因組開始一直到最后一個基因組,完完整整地檢測出來,并排列好,因此這個技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變[3]。
病毒的突變是未知的,尤其對于RNA病毒來說,因RNA本身結構的不穩定性,突變也是習以為常的事情,突變可使病毒毒性增強,也可使其減弱。
此次北京新增的新冠肺炎患者在臨床特征上與之前的有什么不同,是否會傾向“歐洲方向”?
從6月11日至6月14日24時,北京已確診79例新冠肺炎患者。除1例確診患者為重型,其余為輕型或普通型,尚在觀察的無癥狀感染者7例(8.7%)。
對比截至2020年2月11日中國內地報告的72314例新冠患者的統計數據,發現,此次新冠病毒總體癥狀偏向輕型、普通型,報告的無癥狀感染者較此前(889/72314,1.2%)增多,分析可能原因是新冠病毒的毒性有所減弱[4]。
在臨床癥狀方面,目前尚無相關報道或研究結論說明北京新增的新冠患者在臨床特征上有明顯的區分,主要以發熱、咳嗽、咽干、頭痛等癥狀首發。
此前,Journal of Internal Medicine上發表了歐洲輕度至中度新冠患者的臨床和流行病學特征,研究結論指出嗅覺喪失是輕度至中度COVID-19患者的關鍵癥狀,與鼻塞和鼻漏無關,37.5%的治愈患者在疾病發生后至少7天仍持續聞不到氣味[5]。
然而在此次北京新增的確診病例中尚無報道嗅覺喪失的臨床癥狀,新冠病毒在嗅覺方面是否存在種族差異或我國對新冠確診患者的嗅覺是否進行評估尚未知曉。
目前北京疫情防控措施進展如何?
6月14日,按照“應檢盡檢、愿檢盡檢”原則,全北京市核酸檢測機構共檢測76499人,結果陽性59份,新發地市場周邊11個小區人員應檢39491人,實際采樣已完成41510人,檢測6284人,檢測結果為陰性;14天內出入新發地市場內人員,累計完成采樣29386人,完成檢測12973人,核酸檢測結果陰性。
通過張貼公告、上門詢問、電話微信聯系等多種方式,排查5月30日以來曾去過新發地農產品批發市場的人員近20萬,正在以社區為單位就近安排核酸檢測,并進行居家觀察。
參考文獻:
[1]Forster, P., Forster, L., Renfrew, C., & Forster, M. (2020). Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences, 202004999. doi:10.1073/pnas.2004999117
[2]Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL et al: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 2020
[3]http://www.huangshujia.me/2017/08/04/2017-08-04-Begining-WGS-Data-Analysis-Sequecing-Tech.html
[4]中國疾病預防控制中心新型冠狀病毒肺炎應急響應機制流行病學組. 新型冠狀病毒肺炎流行病學特征分析[J]. 中華流行病學雜志, 2020, 41(2): 145-151
[5]Jerome R. Lechien.et al.Clinical and Epidemiological Characteristics of 1,420 European Patients with mild‐to‐moderate Coronavirus Disease 2019.J INTERN MED. 2020 . https://doi.org/10.1111/joim.13089
來源:醫學界呼吸頻道
作者:酸菜
校對:臧恒佳
責編:鄭華菊
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